區別3 發生的症狀嚴重性不同
過敏會引起腸胃道、皮膚以及呼吸道的症狀，其中呼吸道的症狀若程度嚴重會引發呼吸道痙攣，進而導致休克反應，是有可能致命的；最近在美國就有一位12歲兒童因吃了含有微量花生的食物（食物與花生無關，可能在製做過程中參雜入一點點花生製品），發生嚴重過敏最後死亡的案例。食物不耐症很少出現呼吸道的症狀，多數的症狀集中在腸胃道與皮膚，像是拉肚子、肚子脹、濕疹、皮膚紅疹，而且出現的症狀都屬輕微；除了腸胃道與皮膚，也會出現像是噁心、頭痛、倦怠等不易分辨的症狀。另外，蕁麻疹是過敏與食物不耐都有可能出現的症狀。
嬰幼兒食物不耐症的第一名應該就是乳糖不耐症。
陳芳怡醫師指出，嬰幼兒食物不耐症的第一名應該就是乳糖不耐症。剛出生到四個月大左右的新生兒，因為腸胃道發展尚未成熟以及先天體質的緣故，容易出現乳糖不耐症的問題，此問題是人體缺乏乳糖酶的消化酵素，也就是人體無法充分消化奶類製品中的乳糖，因此會引起腹瀉、腹脹、腸絞痛等症狀。狀況不嚴重者，等到孩子漸漸長大、腸胃道發展成熟後就不會再出現症狀。
帶殼的海鮮像是螃蟹、蝦子以及蛋中的蛋白也容易讓嬰幼兒出現食物不耐或是過敏，建議在一歲之前都不要讓寶寶吃這些食物。有些寶寶也會對麩質食物出現食物不耐，這是免疫系統對來自於小麥或穀類中的麩質產生異常反應的現象，麩質食品包括小麥、大麥、燕麥、黑麥，通常是在添加副食品時會遇到。
雖然較少寶寶對魚類產生不耐受性，但有些研究也指出，某些魚類像是鯖魚、鮪魚、金槍魚等因含有一些組織胺的物質，的確有些人在食後會出現食物不耐的症狀；乳酪也是一種含有組織胺的食物，也容易引發食物不耐。另外，食品添加劑、防腐劑、色素、味精等也被證實會引發食物不耐症，當幼兒開始接觸更多樣食物的時候家長必須注意這些食品添加劑的問題，避免讓幼兒攝取過多。
